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受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。 　　与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人，亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……

一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的宇宙飞船，一名神秘女子出现，中心继而受到两只怪兽的袭击。 超人高斯及时出现，但怪兽极之顽强，高斯几乎不敌，幸得春野武藏之助，二人融为一体后始威力大增，而正当怪兽快被击退之际，另一个超人迪斯忽然出现，她竟然出手阻止高斯保护地球，最后竟令高斯及武藏死于怪兽之手。

宇宙有翼骨兽格兰达出现在了宇宙空间里。Super GUTS和戴拿奥特曼都在战斗中落了下风。千钧一发之际，TPC极密制造的战舰普罗米修斯号出现，救下了戴拿。 几天后，在克利欧莫斯岛召开了普罗米修斯的说明会。Super GUTS前去参加，见到了开发负责人如月泪博士（杉本彩饰）。普罗米修斯号是靠人类的思

终于达成少年时代的梦想而成为宇宙飞行员的武藏，在参加好朋友务的婚礼时，于塞班岛遇上异星人夏乌和吉恩。夏乌和吉恩的故乡，因为遭受宇宙怪兽山多洛斯的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界Blue Area，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，山多洛斯却与此同时派出侵略武器史寇比斯前来地球袭击，即使连

吸收怪兽鸦王出现了，在大地上肆意破坏！正在巡逻的飞鸟就变身成戴拿奥特曼跟怪兽打起来，可是其绝招却被怪兽的三只角吸收掉了。像在嘲笑奥特曼的失败似的，怪兽与光线一起消失了。 阿响队长之下的各队员召开了紧急会议。推测怪兽的出现应该是与Miji星球人有关，但这却怪错好人了。不过，那个真正的侵略者∼机械魔女

《蓝色星球》和《蓝色星球13岁少年版》的内容上基本一样，后者是武藏小时候预见了未来的自己。当时春野武藏的扮演者杉浦太阳因涉嫌伤害恐吓而被拘捕，由于这事有损形象，圆谷只好拍了一个删除掉成年武藏形象的版本，TV版也一度受到过影响。后来因为证据不足，杉浦太阳被释放后，那些被删剪掉的东西才得以重见天日。

本作为《迪迦奥特曼》与《戴拿奥特曼》之间发生的故事。

戴拿奥特曼特别篇，49集-51集的导演剪辑版。