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2005年，经过多年的正邪之争，汽车人终于将霸天虎赶出地球。然而威震天却率领部众入侵了汽车人的总部塞伯坦行星，擎天柱留下通天晓等战士驻守地球，自己则带人马于塞伯坦旁边的两颗卫星建立秘密基地，计划对霸天虎施以致命一击。但是计划被霸天虎侦得，威震天率先对行星和地球的汽车人发起攻击。战斗中擎天柱不幸牺牲，

特种部队面临着新的敌人，眼镜蛇组织与作为其创始人的一个古老的蛇人社会秘密结盟。打算从几个世纪前把他们赶进地球深处的人那里强行夺回地球。

　　本片是完全原创故事，超级英雄们不再是熟悉的样子，超人成为了佐德的儿子，蝙蝠侠成为吸血鬼，神奇女侠是“新神”，正义联盟为了摆脱被诽谤的罪名对科学家遇害事件展开调查。

蛇王是由眼镜蛇科学家光头博士创造出来意欲代替眼镜蛇指挥官的人造人。他体内包含了成吉思汗、恐怖伊凡、拿破仑、凯撒等众多历史上注明军事家、统治者的DNA。这使得蛇王比眼镜蛇指挥官要高明许多。但是也有副作用，蛇王自身的情绪极不稳定经常冲动地做出一些愚蠢的决定。蛇王和眼镜蛇指挥官永远互不信服！